制冷系統是
凍干機的重要組成部分，其主要作用是給冷阱和隔板（板層）降溫和控溫。而最常見的制冷系統是由壓縮機及制冷劑為主體的機械制冷系統。但隨著制藥行業不僅要面對生產工藝性能和可靠性的壓力，同時還要遵守越來越嚴格的環境標準。致使
凍干機用戶不得不去考慮應用更加能符合環保要求的低溫冷卻技術。
液氮是一種高效、方便的制冷劑。由于其極低的沸點（約–196℃），它也是大多數低溫應用案例所使用的制冷劑。因此，當提到液氮制冷時，人們的第一反應就是其具有更好的制冷效率。毋庸置疑，當凍干機根據工藝要求追求較低溫度和快速降溫速率時，傳統凍干機上應用的機械制冷系統存在性能上的制約。當配合低溫流動性好的導熱流體時，液氮制冷可以做到板層溫度-30°C以下仍能實現近乎線性降溫，極限溫度低于-65攝氏度。
除去性能方面的差異，液氮制冷系統還會有以下*的優勢：
1、環保和安靜運行，隨著全球對環境保護標準的提高，無論從企業社會責任角度而言，還是一些發達國家的法規約束來看，制冷劑的選擇都應考慮不對臭氧層進行破壞，因此CFC和HCFC制冷劑逐步被取代或應用成本上漲已經成為必然的趨勢。
2、低維護.無論是活塞式壓縮機還是螺桿式壓縮機，其內部都具有運動機械部件，同時制冷劑的壓縮冷凝、中間冷卻、膨脹揮發等過程還需要一系列機械部件構成整個制冷系統。因此相比而言，以換熱器為主體的液氮制冷系統的維修維護概率自然會顯得更低。
3、回收的可能性.液氮在進行制冷換熱后，也是最終會成為氣態形式排放，而氮氣是制藥企業通常會考慮的氣體之一。因此液氮制冷系統帶來了成為氮氣供應源的可能性，當然，能否變為實際應用還是要依靠氣體供應商的系統解決方案。
